É sempre comum, após um upgrade termos o problema do ç aparecer como ć, para quem usa teclado padrão US. No Fedora 22 eu encontrei essa solução, que para mim foi muito mais simples do que ficar editando um monte de arquivo.
Lembrando que pode ser feito também no modo gráfico com as contra-partes (dconf-editor e im-chooser).
Instale os pacotes gtk3-immodules e gtk3-immodule-xim
sudo dnf install -y gtk3-immodules gtk3-immodule-xim
Alterar o input padrão:
imsettings-switch im-cedilla
Se por algum motivo você ver alguma mensagem desse tipo:
GDBus.Error:org.gtk pilule viagra achat.GDBus.UnmappedGError.Quark._imsettings_2derror_2dquark.Code5: Current desktop isn't targeted by IMSettings.
Por algum motivo, o gnome vem por padrão para não aceitar immodule do teclado, então, temos que alterar isso no dconf
dconf write /org/gnome/settings-daemon/plugins/keyboard/active false
Reinicie a sessão e seja feliz! Ou você pode sempre usar o Alt Gr + c e você terá o ç da mesma forma. É uma questão de se acostumar.